1950年，溧城镇组织个体开业的医务人员成立“溧阳县城区第一人民联合诊所”。

1958年，溧阳县人民委员会《关于溧城镇医院的批复》（溧委字第595号），同意在联合诊所基础上建立“溧城镇医院”。

1961年11月，溧阳县人民委员会卫生科批复，将医院更名为“溧城镇中心医院”。

1968年8月，溧城镇中心医院更名为“溧城镇人民医院”。

1975年，溧城镇人民医院更名为“溧城镇中心卫生院”。

1981年9月，溧阳县人民政府（溧政发〔1981〕39号）批复，同意将溧城镇中心卫生院改为“溧阳县中医院”，为县属医疗机构，其性质仍属于大集体，行政、党、团隶属关系仍归溧城镇管理。

1988年，医院行政领导隶属关系由溧城镇人民政府划归溧阳县卫生局领导。

1990年12月，溧阳县撤县设市，溧阳县中医院更名为“溧阳市中医院”。

1993年1月，溧阳市人民政府（溧政发〔1993〕1号）文件，将市中医院集体所有制性质改为全民所有制事业单位。

1995年7月，溧阳市机构编制委员会（溧编〔1995〕38号）批复，同意医院升格为副局级单位。

1996年11月，江苏省中医药管理局（苏中医政〔1996〕29号）批复，同意溧阳市中医院为二级甲等中医院。

2001年5月，经溧阳市编制委员会批准，溧城医院泓口分院划归中医院管理，成为“溧阳市中医院泓口分院”。

2006年2月，医院成为南京中医药大学教学医院。

2009年7月，中共溧阳市委员会（溧委组〔2009〕76号）批复，同意建立中共溧阳市中医院委员会。同年8月，溧阳市委常委研究决定，同意中医院行政升格为正局级单位。

2015年1月，溧阳市中医院更名为“溧阳市中医医院”。

2017年9月，溧阳市人民政府与江苏省中医院合作共建江苏省中医院溧阳分院。同年11月，溧阳市中医医院正式成为“江苏省中医院溧阳分院”。

2019年8月，江苏省中医院溧阳分院眼耳鼻喉口腔中心揭牌成立。

2020年10月，江苏省中医院溧阳分院东院区揭牌成立。

2021年2月，江苏省中医院溧阳分院新院区奠基开工，同年12月，新院区举行封顶仪式。

2022年10月，中共溧阳市委机构编制委员会同意医院增挂“溧阳市老年病医院”牌子。

2024年11月，新院区顺利搬迁并正式启用，掀开了医院发展史上的崭新篇章。

2025年1月，江苏省中医药管理局印发文件《关于公布如皋市中医院等7所中医医院评审结果的通知》（苏中医医政﹝2025﹞1号），正式批复溧阳市中医医院为三级中医医院。